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A uniform representation for the plan of organisation of nematodes of the order Tylenchida

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For more content, see Nematologica.

The need for a uniform method of describing structures (organs and sub-organs) of taxa prior to building a database for nematode identification and other computer applications is discussed. The classical representation of characters (entity - attribute - value) does not assure uniformity and guidelines are needed for a truly uniform representation of morphological-anatomical entities, i.e., the organs and sub-organs of nematodes or other biological groups. Views and other relationships are proposed to manage specific aspects of representation such as perspectives (e.g., front vs lateral view), junction between two organs, structural overlaps, grouping of organs, sub-organs contained in several organs, and organs that could be arranged in more than one system. The value of the proposed character representation is discussed for identification, taxonomy (homologies), and other uses.

Une représentation uniformisée du plan d'organisation des nématodes de l'ordre Tylenchida - L'article considère la nécessité d'une méthode uniformisée pour la description des structures des taxons dans le cadre de la construction d'une base de données pour l'identification assistée par ordinateur et d'autres applications informatiques. La représentation classique des caractères (entité - attribut - valeur) ne suffit pas à elle seule à assurer l'uniformité et des directives sont nécessaires pour aboutir à une décomposition réellement uniforme. La représentation uniforme des "entités" morpho-anatomiques est discutée, les entités en question étant les organes et sous-organes des nématodes et d'autres groupes biologiques. Des vues (au sens informatique) et d'autres relations sont proposées pour gérer des aspects spécifiques de la représentation tels que les différentes perspectives (vue de face et vue latérale par exemple), les jonctions entre deux organes, les recouvrements structurels, l'association de plusieurs organes, la présence d'un même sous-organe dans plusieurs organes et les organes qui appartiennent à plusieurs systèmes. La valeur de la représentation des caractères proposée dans cet article est discutée pour l'identification, la taxinomie (homologies) et d'autres utilisations informatiques en biologie.

Affiliations: 1: Department of Mathematics, University of California, Davis, CA 95616, USA; 2: La Cure, 86420 Verrue, France


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